之前看過劇場版，雖然大致上能夠理解，卻又好像沒有個來龍去脈的感覺，想說還是補一下動畫版吧！
岡部倫太郎是個有嚴重中二病的大學生，以前我也不知道什麼叫中二病，原來這種就是呀！總是拿著手機像在跟什麼神秘組織通話似的，說著什麼機關，什麼命運石之門的，但其實都是都是妄想症吧！自稱瘋狂科學家鳳凰院兇真，和青梅竹馬的椎名真由理以及電腦駭客"桶子君"橋田至組成未來發明的研究室，整天突發奇想發明一些奇怪的東西！
這天，岡部和真由理去參加中鉢博士的演講，但是對於他所發表的時光機理論竟然和十年前約翰提托在網路上所發表的一模一樣，立刻提出質疑，就在這時卻被一個女孩拉出教室，他立刻認出她就是天才科學少女牧瀨紅莉栖，她說他在15分鐘前到底要跟她說什麼？一臉走投無路的表情，但兩人明明是初次見面呀！岡部也是感到莫名其妙。
岡部和真由理會合時突然聽見一聲慘叫，岡部上前察看時，竟然看到牧瀕紅莉栖被刺殺，倒在血泊之中，岡部倉皇離開，正打算給研究室裡的桶子君發E-MAIL，突然間似乎是發生了什麼異象，時間空間都凝結了，就在下一個瞬間，等岡部恢復過來，只見一個人工衛星已經砸在廣播館的大樓上。不僅如此，桶子君還說原本他和真由理要參加的中鉢博士的演講突然中止，他才和真由理逃過一劫的。然而岡部不是在演講時和中鉢博士爭辯了嗎？
岡部問到自己發給桶子君關於牧瀨紅莉栖被刺殺的簡訊，桶子君說那是在上個禮拜收到的？他和桶子君去聽演講，沒想到牧瀨紅莉栖倒是好端端地站在他的面前，這到底是怎麼回事呢？牧瀨紅莉栖在演講時提出不可能製造出時間機，岡部也是立刻提出質疑，但隨後就被牧瀨紅莉栖以各種物理公式理論華麗麗地推翻了。
然而，與岡部的記憶不同的不只是牧瀨紅莉栖沒有死，就連他想查查十年前曾經發表過時間機器理論的約翰提托的網頁鏈結都不見了，他之前曾出版的書也不翼而飛，但是現在又出現了自稱是約翰提托的時光旅行者發表了關於時間機器的訊息，自稱是從2036年的未來穿越時空而來，要改變未來的，因為SREN壟斷了時光機，使得一般人及企業都無法使用，說到時光機，不免又會出現祖父悖論，平行世界等理論，在這裡提到的是世界線。岡部記得這些理論是約翰提托早在10年前就已經提出，但對方卻說他沒去過2000年！
岡部在街上遇到了一個奇怪的女人，說是在尋找一台很老舊的電腦，岡部把照片給桶子君看過之後，立刻就認出它是IBN5100，因為在30年電腦還未普及時推出的的，使用的是Basic的編碼程式，因此也是特別稀有的吧！
岡部和桶子一如往常地在做膠蕉的實驗，就是把香蕉放進烤箱裡120秒，之前不管做幾次都是只是變成很噁心的一串蕉而已，這次，他們只拔了一根做實驗，當他們打開烤箱的時候，香蕉卻消失了，不一會兒，那根香蕉竟然和剛才那一串連在一起，但卻是變成膠蕉的狀態，感覺他們似乎打開了什麼不該開啟的禁忌門呀！
牧瀨紅莉栖想知道岡部為什麼會說她被刺殺了？見到那串香蕉也是很感興趣，於是就加入了研究室。桶子君這時候才想起昨天中午，烤箱出現了放電現象，當時桶子君把自己的手機和烤箱連在一起，也就是岡部發簡訊給他的那時候吧！也就是說簡訊被傳送到五天前了。只是接下來他們卻無法再重現了，岡部也是想如果成功了，或許就能做時光機了吧！這麼一說，紅莉栖立刻驚慌地跑走了，說什麼要製造時間機器，不可能的！
岡部想到時光機的理論中提到迷你黑洞，如果有SREN的LHC或許就可以製造出來吧！於是就叫桶子君想辦法駭進SREN，花了兩天兩夜，桶子君好不容易駭進了SERN，從郵件內容看到了關於Z計劃的內容，又發現他們明明對外聲稱實驗沒有成功，但實際上他們已經成功生成迷你黑洞了，至於他們的人體實驗結果，人都死了。至於一些奇怪的代碼，似乎需要IBN5100的電腦編碼才能解讀吧！
透過真由理打工的女僕店的店長菲莉絲的情報，那台電腦在十年前被供奉在柳木神社裡了，住持的兒子硫華是個比女生還女生的美少年(?)，住持告訴岡部十年前那人就曾說會有個年輕人來取這部電腦，感覺應該也是有人回到過去做的吧！岡部和紅莉栖把電腦搬回研究室之後，解讀了SERN的內部資料，赫然發現更加驚悚的消息，他們以人體實驗，將他們送回過去，報告中看到的是他們將人送回過去，過去卻出現了膠人的新聞，就像膠蕉一樣，感覺也是特別噁心了，岡部當然也被嚇到嘍！
岡部等人終於找出能讓Dmail的現象重現的方法了，於是就想傳e-mail給過去驗證看看，於是就傳了獎券的號碼，但就在發送e-mail之後，時間竟又回到他們正討論要傳什麼內容的郵件，其他人都沒有剛才討論獎券的記憶，唯獨岡部一人記得而已。這時琉華來找岡部，說岡部把可能中獎的號瑪告訴漆原琉華，但因為她搞錯號碼了，所以並沒有中獎，但郵件確實傳回過去了，不是嗎？
此時糾纏不清的桐木萌郁為了尋找IBN5100直接找上門，岡部也讓她成為研究員，說她想阻止自己更換手機，也發了簡訊測試，這回，原本應該出現的琉華卻沒有出現，連萌郁都沒有在研究室，看樣子，改變過去的同時，未來也被改變了。琉華是聽到他們可以把簡訊傳到過去，於是想傳訊息給他媽，讓她多吃蔬菜，因為他真的想變成女生，結果，看起來好像沒有太大的異常，本來嘛！生男生女本來就不是吃蔬菜吃肉決定的嘛！
也是意外得知他們可以發簡訊給過去的菲莉絲也想發簡訊給十年前的自己，結果這封簡訊似乎改變了整個秋葉原的街道，萌文化不見了，真由里打工的女僕店也不見了，岡部開始感到害怕，只是一封簡訊而已，就對未來產生如此大的變化，而且大家都沒有了原來的記憶，只有他還記得。
在房東的雜貨店打工的阿萬音鈴羽不知為何一見到牧瀨就很不爽，她說她是來找爸爸的，她聽說她爸爸會出現在某個聚會，如果沒有見到的話，就會回去了，岡部想讓她見到她爸爸，於是要她無論有沒有見到他，會後都要去研究室，他想讓鈴羽用Dmail留住她的父親，後來，鈴羽當然沒有見到爸爸，岡部也把原本打算離開的鈴羽留下來開派對了。
後來發現IBN5100不見了，不知道從哪個Dmail開始就不見了，這時他們也終於發現原來發Dmail的條件是房東家的42吋電視開啟的時候，搞清楚這一點之後，紅莉栖甚至連時光機的原理都搞清楚了，於就開始著手製造時間跳躍機，當它終於完成的時候，岡部決定不做任何實驗驗證，並打算將它公開，為此，他們決定開派對慶祝，然而，就在派對結束後，桐生萌郁帶著一群人闖進了研究室，說要帶走岡部、牧瀨和桶子君，真由理不需要了，二話不說就把她槍殺了。
受到刺激的岡部，立刻啟動了時間跳躍機，不斷地回到過去阻止真由理去研究室。但即使如此，真由理還是死了，即使不是被神秘組織射殺，也會發生各種意外，岡部就這樣親眼目睹真由理在自己眼前死了好幾回，搞得岡部都快崩潰了。看到這裡，我就不禁想起"尋找失去的未來"，唯為了救佳織，也是不斷地重來再重來，但不管怎麼阻止，最後佳織還是會死，也就是注定會發生的事，怎樣阻止都還是會發生。
岡部再次回到過去，這次牧瀨發現他的異常，認為他是從未來跳躍來的，岡部這才跟她解釋真由理會死，可是無論他怎麼做，都無法改變真由理會死的事實。他於是在紅莉栖的建議下回到了更早之前時間跳躍完成之時，這回，鈴羽出現了，她告訴兩人她是從未來2036年來的，她就是約翰提托，她要用父親發明的時光機回到1975年，她一定會拿到IBN5100交給他們的，原來那個不是人造衛星，而是時光機呀！但是，時光機壞了，就是被岡部留住她的那晚的雷雨打壞的吧！她還把未來岡部發明的偵測世界線變動率的機器交給岡部，說只要他們能讓世界線出現1%的變動，就可以改變未來了。
於是他們決定回到兩天前，讓桶子君想辦法修好時光機，桶子君果然挺厲害的，真由理發現鈴羽與桶子君意外地契合，發現鈴羽在尋找的父親其實就是桶子君呀！父女相認並沒有太感人的畫面，時光機恢復機能之後，鈴羽立刻前往1975年，這個時光機只能回到過去，並不能穿越到未來，於是他們只能等待鈴羽在35年後，把IBN5100拿來給他們了。
不久之後，房東交給他們一封署名橋田鈴的信，她在十年前自殺死了。信中，她說自己失敗了，她直到一年前才想起一切，所以她也沒有找到IBN5100，真是的，那她回到過去幹嘛呀？
即使如此，雖然不到1%，世界線的變動率的確改變了，於是牧瀨建議應該要逐次撤銷Dmail，或許就可以回到真由理不會死的世界線了吧！首先當然是菲莉絲，她的Dmail是讓她爸爸復活，十年來和爸爸過著幸幅快樂的生活，當然就不會想要發展什麼萌文化嘍！岡部於是說服她恢復原樣，於是，首先是秋葉原的萌文化回來了，即使如此，真由理還是會死，只是延後了一天。這就說不通了吧！為什麼菲莉絲發了一則Dmail就可以救活她爸爸，改變世界線，那岡部要不要考慮直接發Dmail就好了，看是怎樣的內容可以救回真由理，也不用一直回到過去，辛苦阻止又徒然無功！
於是岡部又說服了已經是女生的琉華回復男兒身，這也太...為難人了吧！於是琉華在和岡部約會後，也恢復男兒身了。
最麻煩的是桐生萌郁了吧！岡部找到她的時候，她居然在住處上吊自殺了。岡部只好回到她自殺前，他雖然搶到了她的手機，也發了撤銷Dmail，但是未來沒有任何改變，岡部這才發現桐生哪是發什麼不要換手機的簡訊，她是把IBN5100供在神社的事告訴過去的自己，趕在岡部之前得手。本來她都告訴他IBN5100在哪兒了，為什麼不直接回收就好了呢？但是，桐生除了FB的話誰都不聽，FB就是指示她做這些事的藏鏡人，岡部為了找出FB也是用盡了時間跳躍，跟蹤取貨送貨的人，最後，居然出現了一個令人意外的熟悉身影，房東先生。
沒想到他居然就是FB，他透過桐生找到了IBN5100後，把它送到SERN的法國總部，原來他就是SERN的間諜呀！他向桐生坦白身份之後，桐生也是大受打擊呀！她一直以為FB是女人、是母親，豈知竟然是個大光頭？房東把完任務的桐生殺了之後就自殺了。岡部就用FB的手機，讓桐生不要再回收IBN5100了，IBN5100又回到神社裡了。
桶子君再度成功連接上IBN5100，但是對於是否要駭進SERN取消他們發第一封Dmail的數據時，岡部猶豫了，他想起他所發的第一封Dmail是牧瀨紅莉栖被刺殺了，如果撤銷了，那麼在那條世界線上的紅莉栖是否就會被殺了呢？為此，岡部決定暫停駭客任務。
時間一天天過去了，岡部也開始洩氣了，即使親眼看見真由理在眼前死去，他也漸漸麻木了，紅莉栖當然看不過去問了他原因，他才告訴她在，他看見在另外一條世界線上她會死，所以他才遲遲沒法消除他所發的第一通Dmail，紅莉栖也是考慮之後，勸岡部還是讓一切恢復原點吧！這樣真由理才能得救，岡部就對紅莉栖表白了，不管他用時間跳躍回到過去多少次，和紅莉栖解釋過多少次，她都相信了他，並且和他一起想辦法救真由理，但即使如此，還是必須要回到原先的世界線，真由理才能得救吧！所以，紅莉栖算是吻別了岡部吧！
一切都恢復了，回到只有岡部、真由理以及桶子君3人的研究室，雖然岡部還是做了紀念別針給其他人，但他們已經沒有了曾經成為研究員的記憶了。
某天，鈴羽乘著時光機來找爸爸和岡部，2036年發生第三次世界大戰，SERN掌控了整個世界，說他們必須返回到牧瀨紅莉栖被刺殺的那一天，必須阻止她的死亡，雖然岡部對拯救全世界這種事4他無關，但為了紅莉栖他還是義不容辭。
在那裡他看見了紅莉栖，接著就看到她拿著關於時間機器的論文給她爸爸看，沒想到她爸爸就是中鉢博士，他一直嫉妒紅莉栖的聰明才智，現在她連時間機器的理論都寫出來了，當然更是火冒三丈啦！還掏出了小刀，岡部是為了阻止中鉢博士，結果意外刺傷了紅莉栖，原來刺殺她的人就是自己，這教他如何能夠接受？
他回到現在之後，也是快崩潰了，這時鈴羽告訴他之前不是曾收到一封視頻簡訊，那是只有在他失敗後才能看得到的，原來那封視頻是15年後的自己寄來的，還是完全一樣的中二病患者呀！不過，這次他要他回去救紅莉栖，只要不改變他所看見的"牧瀨紅莉栖倒在血泊中"的事實就可以了，就可以將世界線移動到未知的命運石之門的世界線，岡部於是又回去了，同樣的事情再度上演，這次他本來準備了血漿的，沒想到太久沒用就凝結了，他只好用自己的血，電擊擊昏紅莉栖之後，讓她倒在血汨中，一切就和岡部第一次見到紅莉栖的情形一模一樣了。
來到命運石之門的世界線，當然沒有第三次世界大戰，也沒有鈴羽，倒是紅莉栖花了不少精神尋找救命恩人岡部，好不容易終於見面了。後來他們因為跟著菲莉絲去美國參加比賽，又和紅莉栖碰面了，雖然紅莉栖已經沒有了那三個禮拜的記憶，但存在於其他世界線的記憶，還是會出現在她的夢境之中，也只有岡部還記得是怎麼回事吧！
總之，前半部是因，後半部就是岡部一直反覆地重覆著同樣的事，因為他可以保有改變前的世界線的記憶，他就帶著這些記憶經驗再跳回到過去，反覆再反覆，然後一段一段地修復回來，回到原來沒有時間機器出現的那個世界線，我只是在想啦！他為什麼不乾脆阻止自己不要發明什麼電話烤箱就好了？連Dmail都發不成不就好了？他還一一地跟當事人確認同意後，他才撤銷他們的Dmail，他是看到他們在發了Dmail之後，完成了夢想和心願的喜悅之後，又要殘忍地收回，於心不忍、過意不去才會這樣的吧！所以，他才當不成瘋狂的科學家吧！
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